Фамилия Керайтис — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на типичные русские суффиксы (-ов, -ин, -ский), а на окончание -ис. Это характерная примета литовских или, реже, латышских фамилий. В Литве фамилии на -ис (например, Керайтис, Будрайтис) — одна из самых распространённых моделей, обозначающая, как правило, сына или потомка человека с определённым именем или прозвищем.

Основа «Керайт-» восходит к литовскому слову kėras — «куст», «корень», «пень». В переносном смысле так могли назвать коренастого, крепкого человека, либо того, кто жил у густого кустарника или на выкорчеванном участке. Суффикс -айт- (в литовской передаче -aitis) в этой модели указывает на принадлежность: Керайтис буквально означает «сын (или потомок) Кераса», то есть человека по прозвищу Куст или Корень. Таким образом, фамилия является отчеством, образованным от прозвища, которое описывало внешность или место жительства.

В Россию фамилия Керайтис попала, скорее всего, с переселенцами из Литвы или из исторических районов, где веками жили литовцы (например, Калининградская область, часть Псковщины, или после присоединения западных земель в XIX–XX веках). В русской среде фамилия не переделывалась под стандартные окончания — её сохранили в исходной литовской форме. Это говорит о том, что носители, вероятно, осознавали своё происхождение и не стремились адаптировать фамилию под русскую грамматику, что бывает редко.

Встречаются варианты написания Керайтис и Керайтыс, но второй — результат передачи литовского звука через «ы» в старой орфографии. Ударение, скорее всего, падает на первый слог, как в литовском языке: Ке́райтис. Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству — в Литве такие фамилии носили все слои населения, от крестьян до мелкой шляхты. В русских документах XVIII–XIX веков Керайтисы могли фиксироваться как мещане или однодворцы.

Споров вокруг этимологии почти нет: литовское происхождение очевидно. Единственная альтернативная версия — связь с древнегреческим «керай» (керамика) — не выдерживает критики, так как в русских фамилиях греческие корни оформляются иначе (Керамидис, а не Керайтис). Так что если вы носите фамилию Керайтис, ваши предки — выходцы из литовской языковой среды, и их прозвище было связано с природой: либо с крепким, как корень, телосложением, либо с жизнью у леса или кустарника.