Однако фамилия Кярнер, скорее всего, относится к числу заимствованных. Вероятно, она происходит от немецкой фамилии Карнер. В свою очередь, фамилия Карнер образована от аналогичного прозвища. Оно берет начало от диалектного немецкого нарицательного Karner со значением «склеп». Вероятно, именование Карнер относится к профессиональным и указывает на род занятий его обладателя. Так могли назвать гробовщика. Возможно также, что фамилия Кярнер происходит от аналогичного прозвище. Оно, предположительно, восходит к древнему эстонскому корню kärn со значением «корка, струп, чесотка». Можно предположить, что прозвище Кярнер получил человек, который переболел каким-то тяжелым заболеванием. Среди известных однофамильцев можно назвать эстонского ориентировщика, призера чемпионата Европы 2006 по спортивному ориентированию Олле Кярнера, эстонского писателя Яана Кярнера.