Фамилия Кернер — немецкого происхождения. В основе лежит слово Kerner, но его значение неоднозначно, поэтому точный смысл фамилии зависит от того, кем был предок. Первый вариант: Kerner могли называть мастера, работавшего с металлом или на станке, — слово обозначало «коническое углубление» в изделии или «неподвижный центр на бабке станка». Второй вариант: фамилия могла закрепиться за человеком, жившим рядом с кладбищенской часовней или склепом (нем. Kerner — «кладбищенская часовня; склеп»). То есть прозвище либо указывало на профессию, либо на место жительства.

Словообразовательная модель проста: немецкий суффикс -er часто образует названия лиц по роду занятий или характерному признаку (сравните: Müller — мельник, Fischer — рыбак). Фамилия Кернер — типичный пример такого «профессионального» прозвища, которое со временем закрепилось как наследственное имя.

В России фамилия встречается редко и почти всегда указывает на немецкие корни предков. Носители Кернер — это, как правило, потомки немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, либо обрусевшие выходцы из Германии. В немецкоязычных странах фамилия более распространена, особенно в южных регионах (Бавария, Австрия), где сохранилась и топонимическая основа — название местности или кладбищенской постройки.

Однокоренных русских фамилий у Кернер нет, но в немецком ономастиконе есть варианты Kerner, Kern — последний мог быть как самостоятельной фамилией, так и сокращённой формой. По данным словаря Б. Унбегауна, такие фамилии на -er в славянской среде почти не адаптировались, оставаясь в исходном написании, что и произошло с Кернер.