Фамилия Кернер восходит к немецкому слову Kerner, которое имеет несколько значений: «коническое углубление (в изделии)», «неподвижный центр на бабке станка», «кладбищенская часовня; склеп». Таким образом, эта фамилия может указывать на род занятий предка, либо его место жительства.