Фамилия Кербер — один из тех случаев, когда происхождение прозвища лежит на поверхности, если знать язык. Её основа — немецкий глагол kerben, что значит «делать надрезы, нарезать канавки, насекать, зазубривать». Человек, которого в среде немецкоязычных поселенцев прозвали Кербер, скорее всего, был ремесленником. Такое прозвище мог получить столяр, плотник или резчик по дереву — тот, кто постоянно работал с пазами и насечками. Не исключено и более узкое значение: например, мастер, изготавливающий зазубренные инструменты или детали.

Если смотреть на словообразовательную модель, то перед нами типичная немецкая фамилия, образованная от глагольной основы с помощью суффикса деятеля -er. В русском языке эта модель даёт прямой ответ на вопрос «кто делает?»: Кербер — буквально «тот, кто делает зарубки». Аналогично построены многие немецкие фамилии-профессии: Шнайдер (портной), Мюллер (мельник), Циммерман (плотник). Кербер стоит в том же ряду, только называет более специфичное ремесло.

Фамилия эта не исконно русская, а принесённая немецкими колонистами, которые селились в России в XVIII–XIX веках, в первую очередь в Поволжье, Причерноморье и на Волыни. Поэтому география её бытования в России до сих пор тяготеет к этим регионам, хотя в XX веке носители разъехались по всей стране. В самой Германии фамилия Kärber или Kerber встречается, но не входит в число самых распространённых — это скорее локальное прозвище, закрепившееся за отдельными семьями.

В русском языке у фамилии нет альтернативных этимологий, которые бы всерьёз конкурировали с немецкой версией. Иногда её путают с мифологическим Цербером, но это случайное созвучие: корни разные, и смысл имени пса-стража Аида к ремеслу столяра не имеет никакого отношения. Спорных гипотез здесь нет — всё прозрачно и укладывается в одну версию: профессиональное прозвище немецкого мастера, работавшего с зарубками и пазами.