Фамилия Кернео — редкая и нетипичная для русского языка. Она не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Чтобы понять её происхождение, нужно искать не в славянской, а в западноевропейской или балтийской традиции.

Скорее всего, основа фамилии — французская. Во Франции существует фамилия Kerneо, которая распространена в Бретани. Бретонский элемент «ker» означает «дом» или «деревня», а вторая часть может быть топонимом или личным именем. Таким образом, Кернео — это указание на выходца из конкретного места: «тот, кто из дома Нео» или «житель деревни Нео». В России такая фамилия могла появиться у потомков французских подданных, приехавших в XVIII–XIX веках, например, гувернёров, ремесленников или офицеров.

Есть и другая версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания. В прибалтийских языках, особенно в литовском, встречаются фамилии с похожим звучанием. Например, литовское «kernė» означает «дикая утка» или «чирок». Если предположить, что фамилию русифицировали, изменив окончание, то Кернео могло бы быть вариантом литовской фамилии Kernė. Однако эта гипотеза слабее: окончание -о для литовских фамилий в русской передаче нетипично, обычно они оканчиваются на -ас, -ис или -ус.

В любом случае, фамилия Кернео — не крестьянская и не мещанская, а скорее дворянская или городская, связанная с иностранным происхождением предков. В дореволюционных метрических книгах её носителей стоит искать в столичных городах, среди обрусевших европейцев.