Фамилия Кыкеля — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые сразу указывают на отчество или принадлежность. Окончание -я и основа Кыкел- заставляют искать корни за пределами центральной России.

Скорее всего, перед нами фамилия финно-угорского происхождения, а точнее — карельского или вепсского. В прибалтийско-финских языках слово «kykky» или «kükke» означает «горбатый», «согнутый», «сутулый». Отсюда прозвище Кыкеля — «горбун» или «сгорбленный человек». Такое прозвище могли дать по внешнему признаку: человеку с искривленной спиной или характерной сутулой походкой. Суффикс -еля в карельских фамилиях (ср. Рюккеля, Хаккеля) часто образует прозвища, которые потом закреплялись как фамилии без дополнительных русских окончаний.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным русским словом «кыкать» — кричать, куковать, или с «кыка» — так в некоторых говорах называли кукушку. Но форма Кыкеля для русского прозвища нетипична: она скорее напоминает западные фамилии на -еля, которые как раз и пришли из карельского или финского субстрата.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Карелия, Ленинградская область, бывшая Олонецкая губерния. Там в XIX веке при переписях карелам и вепсам часто записывали фамилии в такой форме — без русификации. Носители фамилии Кыкеля, вероятно, потомки крестьян-карел или вепсов, живших в лесных деревнях и занимавшихся земледелием, рыболовством или лесным промыслом.

Словообразовательная модель проста: основа «кыкел-» + окончание -я. Это не русская патронимическая модель, а прямая запись прозвища в именительном падеже. Именно из-за этого фамилия так выделяется на фоне типичных русских фамилий и сразу указывает на неславянские корни предков.