Фамилия Кикеля — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию практически без изменений, сохранив первоначальную форму. Её основа — слово «кикель», которое в некоторых русских говорах, особенно на северо-западе и в псковских землях, означало «клюка», «крюк» или «загнутая палка». Человек с таким прозвищем мог быть хромым, ходить с клюкой, либо, что вероятнее, заниматься ремеслом, где нужен был крюк — например, бондарь, рыбак или даже пастух, пользующийся посохом с загнутым концом.

Слово «кикель» имеет и другое, более древнее значение — «коклюшка», то есть палочка для плетения кружев. В этом случае прозвище могло закрепиться за кружевником или кружевницей, хотя обычно такие ремесленные прозвища давали мужчинам. Есть и третья, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «кикель» — это птица, разновидность кулика или чибиса. Тогда прозвище дали бы человеку с длинным носом или суетливой походкой, напоминающей птицу.

Фамилия образована без суффикса — чистым переходом прозвища в фамилию. Такая модель встречается реже, чем фамилии на -ов или -ин, и характерна в основном для украинских, белорусских и западнорусских земель. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Кúкеля, хотя в разговорной речи встречается и вариант с ударением на второй.

Географически фамилия привязана к Псковщине и Новгородчине, где диалектное слово «кикель» было в ходу до начала XX века. Встречается она и в Беларуси, но там чаще в форме Кикель (без окончания -я), что указывает на белорусское влияние. По сословной принадлежности предки Кикеля, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а не дворянами — фамилия не имеет признаков искусственного «облагораживания» и не встречается в родословных книгах.

Ономастические словари, в частности работы Б. Унбегауна, не выделяют фамилию Кикеля отдельно, но относят её к группе прозвищных фамилий, образованных от орудий труда или предметов быта. Споров о происхождении немного: все версии сходятся на том, что корень «кик-» связан с изгибом или острым предметом, а разногласия касаются только конкретного ремесла или повадки. Наиболее правдоподобной выглядит версия с клюкой или крюком — она проще и имеет прямые параллели в фамилиях Крюков, Клюкин, Коклюшкин.