Фамилия Кикелина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин обычно указывают на принадлежность: Кикелин — сын Кикелы. Но в данном варианте окончание -а может сигнализировать, что фамилия либо изначально зафиксирована в женском роде (через «жену Кикелина»), либо происходит от прозвища матери — так называемые матронимы, которые встречаются, если женщина была главой семьи или её прозвище было более известно.

Основа «Кикел» — тёмная и редкая. Скорее всего, это прозвище от диалектного слова «кика» — так в северных и центральных губерниях называли женский головной убор с рогами, а также «кичка» — символ замужества. Человек по прозвищу Кикела мог быть либо мастером по изготовлению кик, либо, с иронией, обладателем необычной причёски или походки, напоминающей этот убор. Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским «кик» (дикий, упрямый) или с глаголом «кикать» (кричать, кудахтать), но для этого нет надёжных параллелей в русской ономастике.

Суффикс -ин указывает на древнюю модель образования: в XV–XVII веках так называли детей по отцу или по хозяйке двора. Если бы фамилия образовалась от канонического имени, мы бы видели основу вроде «Никитин» или «Михайлин». Здесь же — явное прозвище, которое могло закрепиться в крестьянской среде Северо-Запада и Поволжья, где диалектные слова «кика» и «кичка» были в ходу.

Написание с двумя «и» — не ошибка, а норма: в дореволюционных документах часто писали «Кикелина» через «и» во втором слоге, чтобы сохранить безударную гласную. Сейчас фамилия редкая, встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — там, где традиционный женский головной убор был частью быта.

Версия о связи с именем Кикилия (церковное имя Кекилия, лат. Caecilia) — натяжка. В народной этимологии такое возможно, но лингвистически маловероятно: переход от «Кикилия» к «Кикела» не подтверждается типичными русскими сокращениями. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище по ремеслу или внешности, и оно закрепилось за родом.