Фамилия Кикена — редкая, с запутанным корнем. В ней слышится что-то иноязычное, но по модели образования она скорее русская или украинская, причём нестандартная. Обычный суффикс -енк(о) в этой фамилии редуцировался до -ен(а), что встречается в южнорусских и украинских фамилиях (сравните: Бондаренко — Бондарена, но чаще в разговорной речи). Однако основа «Кик-» не даёт покоя.

Если отталкиваться от славянского корня, то «кика» — старинный женский головной убор. Прозвище Кика могли дать женщине, которая носила такой убор, или мужчине с пышными волосами, напоминавшими кику. В говорах «кика» означала также «хохол», «чуб» или «кудри». Тогда Кикена — потомок человека по прозвищу Кика, с прибавлением фамильного суффикса. Но форма на -ена заставляет подозревать, что это не просто «сын Кики», а скорее «из рода Кикиных» или «Кикенко», где окончание со временем упростилось.

Вторая версия — не славянская, а финно-угорская. В карельском и финском «kikena» означает «крикливый», «крикун». Фамилия могла возникнуть на Русском Севере или в Приладожье, где смешанное население давало прозвища по поведению. Кикеной могли назвать шумного человека. Учитывая, что фамилия встречается и в Ленинградской области, и в Карелии, этот вариант выглядит правдоподобнее, чем версия с головным убором.

Есть и третий, более экзотический след: тюркское «кик» — «дикий», «упрямый». Но тюркские фамилии обычно оформляются иначе (Киков, Кикбаев), так что этот путь маловероятен.

Сословная принадлежность Кикен неясна. В дореволюционных записях фамилия попадается у крестьян и мещан, преимущественно в западных и северных губерниях. В дворянских родословных её нет. Значит, предки были скорее всего людьми простого звания — крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по прозвищу.