Фамилия Кикенов образована по самой распространённой в русском языке модели — от основы с суффиксом -ов. Такие фамилии обычно означали принадлежность человеку, названному в основе: «чей?» — Кикенов, то есть сын или потомок Кикена.

Спор возникает вокруг самого корня — «кикен». В русском языке такого слова нет, и это указывает на заимствованную или диалектную основу. Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках «кикен» означает «сорняк», «колючка» или, в переносном смысле, «упрямый», «колючий человек». Прозвище Кикен могли дать человеку с неуживчивым, резким характером или же тому, кто жил на земле, заросшей бурьяном. Эта версия выглядит убедительнее других, потому что тюркские корни часто встречаются в русских фамилиях Поволжья и южных регионов.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с греческим именем Кики (Κύκυ), которое могло попасть на Русь через церковные круги. Однако для фамилий с суффиксом -ов греческие личные имена — редкость, они чаще встречаются в форме Кикин (от Кика). Поэтому версия «от греческого имени» для Кикенова слабее.

Географически фамилия Кикенов тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Именно там прозвище или имя Кикен могло войти в русскую среду и дать начало фамилии.

С точки зрения социальной истории, Кикеновы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянские роды с такой фамилией не зафиксированы, а в ревизских сказках XIX века носители фамилии встречаются среди государственных крестьян и однодворцев. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носителей несколько тысяч человек, в основном в России и странах бывшего СССР.