Фамилия Кикеев — тюркская по происхождению, что сразу заметно по характерному суффиксу -ев, который присоединился к основе, не имеющей славянских корней. В основе лежит личное имя Кикей или прозвище Кике. Оно восходит к тюркскому слову «кик» — в разных диалектах это может означать «упрямый», «непослушный» или, реже, «маленький, короткий». В татарском и башкирском языках встречается слово «кикәй» (кикяй) — так называли человека с упрямым, своенравным характером. Поэтому первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище Кикей за строптивый нрав или, наоборот, за невысокий рост.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе на -й добавляется русский патронимический суффикс -ев, который заменяет тюркский аффикс принадлежности. Сравните с фамилиями Аксаев, Бутаев, Кудаев — все они построены по одному принципу. Фамилия Кикеев могла возникнуть в среде служилых татар или башкир, которые после присоединения Казанского и Астраханского ханств переходили на русскую службу и получали фамилии по имени отца.

В дореволюционных источниках фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в Казанской, Оренбургской и Уфимской губерниях. Это подтверждает её региональную привязку к местам расселения тюркских народов. Встречается вариант написания Кикеев с ударением на второй слог, хотя в ряде говоров возможно ударение на первый — это зависит от местной диалектной традиции произношения тюркских имён.

Известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что указывает на её преимущественно крестьянское или мещанское бытование. Однако сам корень «кик» дал жизнь и другим фамилиям — например, Киков или Киктев, что говорит о распространённости прозвища в тюркоязычной среде. Таким образом, Кикеевы — потомки человека по прозвищу Кикей, жившего, вероятно, в XVI–XVII веках на территории современных Татарстана или Башкортостана.