Фамилия Кылышпекова, скорее всего, происходит от казахского мужского имени Кылыш-бек. Это имя, в свою очередь, имеет сложную структуру и состоит из двух частей. Первая из них ведет начало от казахского «къылыш», что в переводе на русский язык означает «сабля». Второй компонент имени - «бек» - переводится как «господин», «хозяин». Первоначально слово «бек» употреблялось как титул, который давали имеющим власть людям, но с течением времени оно превратилось в антрополексему и стало использоваться при образовании составных имен. Вполне вероятно, что родители, нарекая своего ребенка именем Кылыш-бек, желали, чтобы он вырос сильным и храбрым мужчиной. Чередование согласных б/п связано с историческими изменениями в языке. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кылышпековых можно лишь на основании генеалогических исследований.