Фамилия Клышпекова — редкий пример тюркской фамилии с русским суффиксом принадлежности, которая почти не встречается за пределами Казахстана. Скорее всего, её основа — мужское имя Клышпек, которое образовано из двух тюркских корней: «клыш» (вариант «кылыш» — сабля, меч) и «бек» (господин, князь). В буквальном прочтении Клышпек означает «князь-меч» или «меч господина» — имя-пожелание воину, защитнику. Женское окончание -а указывает, что фамилия принадлежит женщине или записана по материнской линии, хотя в современной русской традиции оно закрепилось за всеми потомками рода.

Словообразовательная модель проста: к тюркскому антропониму Клышпек добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюркоязычной среде часто передавал не отчество, а родовую принадлежность («из рода Клышпековых»). Затем, при русификации или записи в документах, появилось окончание -а по женскому роду. Такая форма типична для казахских и киргизских фамилий, адаптированных в советское время: мужчины носят Клышпеков, женщины — Клышпекова.

Географически фамилия привязана к южным и западным регионам Казахстана, где распространены имена с компонентом «кылыш». Встречается она редко — носителей насчитывается, вероятно, несколько сотен человек, почти все в Казахстане. В России или других странах СНГ Клышпекова — исключительная редкость, чаще всего её привозят мигранты или потомки смешанных браков.

Спорных версий происхождения немного: иногда корень «клыш» путают с русским диалектным «клыш» (зазубрина, кривой нож), но это совпадение, не имеющее отношения к тюркской основе. Если же отталкиваться от более прозаичного варианта, имя Клышпек могло быть прозвищем мастера-оружейника, который делал сабли или торговал клинками. Но в любом случае фамилия указывает на воинственное или ремесленное прошлое предка — человека, чья жизнь была связана с холодным оружием.