Фамилия Кыржалы — редкий случай, когда географическое прозвище сохранилось почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Она напрямую отсылает к названию болгарского города Кырджали (Кърджали). Так могли прозвать человека, который приехал из этих мест или имел с ними прочную связь. В русской традиции такие «голые» топонимические фамилии — редкость, обычно их «обрусевали» суффиксом, но здесь форма застыла в исходном виде, что указывает на сравнительно позднее возникновение, скорее всего, в XIX–XX веках.

Корень фамилии — тюркский. Название города Кырджали происходит от имени турецкого завоевателя или от слова «kırcalı» — «разрушитель, бунтарь». В истории Османской империи были «кырджалийцы» — разбойники и дезертиры, действовавшие на Балканах в конце XVIII — начале XIX века. Но не стоит думать, что предки носителя фамилии обязательно были разбойниками. Прозвище «Кыржалы» в русской среде чаще всего закреплялось за переселенцами из Болгарии или греками-понтийцами, которые во время русско-турецких войн перебирались на юг Российской империи, в Бессарабию или на Кубань. Фамилия фиксирует не характер, а место исхода.

Встречается Кыржалы в основном на юге России и Украины, в Одесской области и Краснодарском крае — там, где селились болгарские колонисты. Её могли записать и как «Кырджалы», с буквой «д», но на слух звонкий звук часто оглушался, и в документах закрепился вариант с «твёрдой» «т» или даже с «к» на конце. Это типичная история для фамилий, которые долго бытовали в устной речи, прежде чем попасть в метрические книги.

С точки зрения словообразования, это чистая основа без суффикса. Если бы фамилия оформлялась по классической русской модели, мы бы имели «Кыржалов» или «Кырджалиев». Отсутствие суффикса — главная подсказка для этимолога: фамилия не «сын такого-то», а «человек оттуда-то». Поэтому носитель фамилии Кыржалы может с высокой вероятностью проследить свои корни до болгарских переселенцев или греков, живших в горах Родопы.