Фамилия Кыржибаев — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, но точное значение ускользает. Судя по структуре, это типичная тюркская фамилия, образованная по русской модели патронимического суффикса -ев. Основа «Кыржибай» — составное имя или прозвище, где вторая часть «бай» (тюрк. «богач», «хозяин», «господин») указывает на уважение или достаток. Первая часть «кыржы» — наиболее спорный элемент.

Самая вероятная версия: «кыржы» — это фонетический вариант слова «кыргыз» (киргиз). В тюркских языках межзубный звук «з» в диалектах мог переходить в «ж» или «дж», а оглушение конечного согласного давало «кыржы». Тогда Кыржибай — «киргиз-бай», то есть «богатый киргиз» или «киргизский господин». Такое прозвище могли дать человеку киргизского происхождения в соседней среде — например, у казахов, ногайцев или башкир, где фамилии на -баев распространены. В пользу этой версии говорит и типичное для этих народов окончание фамилии.

Менее убедительная, но возможная версия связывает «кыржы» с тюркским корнем «кыр» — «поле», «степь», «ровное место». «Кыржы» могло означать «степняк», «житель равнины». Однако для такого значения чаще встречается форма «кырлы» (от «кыр» + аффикс обладания), поэтому вариант с «кыргыз» выглядит предпочтительнее.

Фамилия Кыржибаев практически не встречается в центральных областях России. Её география — южный Урал, Оренбуржье, Башкортостан и северный Казахстан. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были скотоводами или мелкими землевладельцами в кочевом или полукочевом обществе. Суффикс «-бай» в основе говорит о том, что родоначальник пользовался авторитетом, но не обязательно был аристократом — в тюркской среде «баем» называли любого зажиточного хозяина, а не только феодала.