Фамилия Кыштобаев образовалась от прозвища Кыштобай, которое, в свою очередь, состоит из двух частей. Первая из них восходит к названию реки Кишта, протекающей в Сибири. Сам же гидроним, вероятно, произошел от киргизского слова «кышта» - «зимовать, проводить зиму». Второй компонент фамилии – «бай» – также имеет древнетюркское происхождение и переводится на русский язык как «богатый, зажиточный человек, хозяин, господин». Однако позже оно приобрело нарицательное значение и стало использоваться просто в качестве одного из компонентов составных имен и прозвищ типа Байбарс, Байбек, Байарслан, Байбатыр. Таким образом, прозвище Кыштобай, как и фамилия Кыштобаев, в буквальном смысле означает «богач с реки Кышта». Вполне возможно, что прародитель Кыштобаевых проживал в местах протекания реки Кышта.