Фамилия Кыштобаев — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не личное имя, а географический объект. Она образована от прозвища Кыштобай, которое состоит из двух тюркских корней. Первый — гидроним Кишта, название реки в Сибири. Скорее всего, оно восходит к киргизскому слову «кышта» — «зимовать, проводить зиму». Второй компонент — всем известное «бай», означавшее «богатый, зажиточный человек, хозяин». В составных именах вроде Байбарс или Байбатыр «бай» со временем стало просто усилительным элементом, но в прозвище Кыштобай, вероятно, сохранило прямой смысл: «богач с реки Кышта».

Фамилия относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, которые ведут начало от тюркских носителей — выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Корни уходят в XV–XVII века, когда в России активно шло проникновение инонациональных основ в состав русских фамилий. Этому способствовал исторический факт: многие дворяне в России были по происхождению нерусскими. Сведения о восточном происхождении фамилии Кыштобаев подтверждаются соответствующим именем родоначальника.

Модель образования типична для тюркских фамилий, адаптированных русским языком: к основе Кыштобай добавили русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). В буквальном смысле Кыштобаев — «потомок Кыштобая». Вполне возможно, что прародитель Кыштобаевых действительно проживал в местах протекания реки Кышта, и прозвище закрепилось за ним по месту жительства или зимовки.

Фамилия Кыштобаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в себе и географическую привязку, и социальный статус предка.