Фамилия Кысиль — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая обоснованная версия связывает её с известной фамилией Кассиль. В основе лежит название немецкого города Кассель (Kassel). Предок, получивший такое прозвище, скорее всего, был выходцем из этого города — типичная практика для еврейских фамилий, которые часто образовывались по месту жительства или происхождения.

Здесь есть лингвистическая особенность: замена «а» на «ы» в корне. Это могло произойти под влиянием говоров, где «а» после мягких согласных звучала более закрыто, или же это результат адаптации фамилии в русскоязычной среде — так называемое «аканье» на письме закрепилось в форме «Кысиль».

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. В ней нет привычных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), которые указывали бы на принадлежность к роду. Окончание -иль характерно для фамилий, пришедших из идиша или немецкого языка, и может указывать на уменьшительную или патронимическую форму. Встречаются также варианты написания с суффиксом -ис или -ес, которые в некоторых еврейских фамилиях служили показателем принадлежности к роду, но в случае с Кысиль это скорее исключение, чем правило.

Искать однокоренные фамилии среди русских бесполезно — ни «кыс», ни «кыса» в русской антропонимии не зафиксированы. Это ещё один аргумент в пользу заимствованной, иноязычной основы. Фамилия Кысиль — яркий пример того, как топоним, пройдя через несколько языковых фильтров, превратился в необычное и запоминающееся родовое имя.