Фамилия Кисиль звучит по-украински и напрямую связана с едой. В её основе лежит прозвище Кисиль, которое в XV–XVII веках давали на украинских землях. Слово «кисiль» тогда означало то же, что и сегодня — кисель, густой студенистый напиток из ягод или овса. Прозвище могло закрепиться за человеком, который варил и продавал кисель, либо за тем, кто его особенно любил. Не исключено, что так называли медлительного или мягкого по характеру человека — по ассоциации с вязкой консистенцией этого блюда.

Фамилия образована без типичного для восточных славян суффикса — просто от прозвища в чистом виде. Такая модель встречается реже, чем фамилии на -ов или -ин, и указывает на то, что фамилия закрепилась в устной речи раньше, чем попала в документы. Сравните с однокоренными фамилиями Кисель, Киселёв, Кисельников: у них разная география и суффиксы, но общий корень. Кисиль — южный, украинский вариант, где звук «е» перешёл в «и».

В украинских реестрах XVI–XVII веков, например в документах Войска Запорожского, встречаются носители прозвища Кисиль. Это были казаки или мещане. Сейчас фамилия распространена в центральной и западной Украине, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. В России встречается редко, чаще всего в областях, граничащих с Украиной.