Фамилия Кисиленко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко, означающей «сын» или «потомок». Её основа — прозвище или мирское имя Кисиль, которое было хорошо распространено в XV–XVII веках.

Прямое значение прозвища — от украинского «кисiль», то есть кисель. В старину кисель был не просто едой, а ритуальным блюдом: его обязательно подавали на поминках наряду с кутьёй и блинами. Поэтому прозвище Кисиль мог получить человек, имевший отношение к приготовлению или продаже киселя, либо же тот, кто сам напоминал это кушанье — например, из-за мягкого характера или бледного, «студенистого» цвета лица.

Не исключено, что Кисиль было не прозвищем, а мирским именем — дохристианским оберегом. Такие имена давали, чтобы обмануть злых духов: назвав ребёнка Киселём, родители желали ему сытой и благополучной жизни, ведь кисель в народе ассоциировался с достатком и праздником.

Суффикс -енко указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Кисиль. Если отец был Кисиль, то его сын становился Кисиленко, то есть «Кисилев сын». Со временем это отчество закрепилось как наследственная фамилия.

Фамилия Кисиленко наиболее характерна для центральных и восточных регионов Украины, особенно для Полтавщины и Черкащины, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий. В России она встречается реже и часто связана с переселенцами из Малороссии.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Киселев), украинская версия сохранила более архаичную форму без дополнительного суффикса принадлежности. Если Киселев — это «чей-то Кисель», то Кисиленко — это «чей сын Кисиль», что точнее передаёт родство.