Фамилия Кисил — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, минуя типичные русские суффиксы -ов или -ин. В её основе лежит украинское нарицательное «кисiль» — то есть кисель. Если бы фамилия формировалась по стандартной восточнославянской модели, мы бы увидели Кисилёв или Кисиленко, но здесь слово застыло в начальной форме. Такое часто встречается у украинских и белорусских фамилий, где прозвище становилось родовым именем напрямую (сравните: Скрипка, Сова, Лис).

В разных говорах Кисилем называли не только любителя киселя, но и человека с определённым характером. Кисель — блюдо густое, вязкое, поэтому прозвище могли дать медлительному, нерешительному человеку, которого иначе назвали бы «размазнёй». Есть и другая версия: в некоторых диалектах «кисель» означало плаксу или, наоборот, льстеца — того, кто «разливается киселём» перед нужными людьми. Так что прозвище Кисил не обязательно указывало на кулинарные пристрастия — скорее, на поведение или склад характера.

Интересно, что кисель — одно из древнейших блюд славянской кухни, упоминаемое ещё в «Повести временных лет». Когда-то его варили из овса и ржи, и он был настолько густым, что его резали ножом. Поэтому прозвище могло закрепиться и за тем, кто занимался приготовлением киселя — например, за квасником или поваром на княжеской кухне. Но в отличие от фамилий «Кисель» (прямое прозвище) или «Киселёв» (патроним от отца-Киселя), форма Кисил встречается реже и чаще фиксируется в западных регионах: на Волыни, в Подолье, а также среди переселенцев в Сибири.

В написании фамилии есть одна особенность: ударение падает на второй слог — Киси́л. В украинском языке «кисiль» звучит с ударением на «i», и это сохранилось в фамилии. Если бы ударение было на первый слог, форма звучала бы как «Ки́сил» — но такое произношение почти не встречается. Так что по фамилии можно даже предположить, откуда родом её первые носители: скорее всего, с территории современной центральной или западной Украины, где «i» в корне слова произносится отчётливо.