Фамилия Кюхкинен — одна из тех, что ясно указывает на финское или ингерманландское происхождение. Её основа — прозвище Кюхки, которое восходит к финскому слову kyyhky, то есть «голубь» или «голубка». В русской транскрипции это слово и дало форму «кюхки». Скорее всего, прозвище получил человек с кротким, добрым и скромным нравом — такая зооморфная метафора встречается у многих народов, но у финнов она особенно характерна для восточных и южных диалектов.

Сама фамилия образована по типичной для финской ономастики модели с суффиксом -nen. В данном случае перед нами вариант с элементом -inen, который влился в основу: Kyyhky → Kyyhkynen (уменьшительно-ласкательная форма). В русской передаче двойное «н» — это следствие того, что исходный суффикс -nen в позиции после гласного часто удваивается при адаптации. Важно не путать этот элемент с суффиксом -лайнен/-ляйнен, который указывает на происхождение из местности или принадлежность к народности. У Кюхкинен другой случай: суффикс здесь не топонимический, а уменьшительный или характеризующий, то есть фамилия говорит о качестве человека, а не о его географических корнях.

В Финляндии фамилия Kyyhkynen встречается, но не входит в число самых распространённых. В России она закрепилась в основном среди потомков ингерманландских финнов, переселявшихся на территорию современной Ленинградской области и Карельского перешейка. Встречаются варианты написания: Кюхкинен, Кюхкюнен, а также более редкая форма Кюхкянен — все они восходят к одному корню и различаются лишь диалектными особенностями произношения.