Фамилия Кюпер — редкий для России пример немецкой фамилии, сохранившейся в исходном написании без русификации. Её основа — немецкое слово Küper (или Kuper), что означает «бочар», «бондарь» — ремесленник, изготавливающий бочки, кадки и другую деревянную тару. В немецких диалектах слово восходит к средневерхненемецкому küefer, родственному современному Küfer. Таким образом, фамилия относится к профессиональным прозвищам, которые в немецкоязычной среде закреплялись за человеком по его занятию.

В отличие от большинства немецких фамилий, попавших в Россию в XVIII–XIX веках (например, при Екатерине II среди колонистов Поволжья), Кюпер не получил типичного русского суффикса -ов или -ин. Это говорит либо о позднем переселении, либо о том, что носитель сохранял тесные связи с немецкой средой и не ассимилировался в крестьянском сословии, где фамилии часто переделывали на русский лад. Встречаются варианты написания Кюппер и Кюпфер — последний ближе к литературному немецкому произношению.

С точки зрения географии, фамилия Кюпер в России встречается точечно, чаще всего в городах с историческими немецкими общинами: Санкт-Петербург, Москва, бывшие колонии в Саратовской и Самарской губерниях. В самой Германии фамилия Küper распространена в северных землях (Нижняя Саксония, Шлезвиг-Гольштейн), где бондарное дело было одним из ключевых ремесел в портовых городах.

Искать предков с такой фамилией стоит в метрических книгах евангелическо-лютеранских церквей — именно там фиксировали переселенцев из немецких княжеств. В дворянских родословных книгах Кюпер не значится, что подтверждает её ремесленное происхождение: предки были не помещиками, а мастерами-городскими или сельскими ремесленниками.