Фамилия Кюппер происходит от немецкого нарицательного «Kuper» - «бондарь, бочар». Очевидно, фамилия относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности ее основателя. Согласно другой гипотезе, фамилия Кюппер этимологически связана со швейцарским «kuppe» - «холм» или «cuppa» - «чашка», «чарка», «блюдце». В таком случае предок Кюппер либо жил на возвышенности, либо занимался изготовлением посуды, был гончаром.