Фамилия Лабиринтов — редкий случай, когда основа явно книжная, а не народная. В отличие от тысяч фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или профессий, эта происходит от существительного «лабиринт» — слова, которое попало в русский язык из древнегреческого через европейские языки и долго оставалось принадлежностью образованной речи, а не быта.

Самый вероятный путь появления такой фамилии — семинарский. В духовных училищах и академиях XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «искусственные» фамилии, часто с отвлечённым, символическим или античным смыслом. Лабиринт — образ сложного пути, испытания, духовного поиска. Фамилия могла быть присвоена способному ученику, который выделялся сообразительностью, или, напротив, как намёк на трудный жизненный путь. В пользу этой версии говорит и суффикс -ов: для семинарских фамилий типичны окончания -ский/-цкий (Лабиринтский), но встречаются и формы на -ов, особенно если фамилия давалась не по названию места, а от абстрактного понятия.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что фамилия закрепилась как прозвище. Лабиринтом в переносном смысле могли назвать человека, живущего в доме с запутанными переходами, или того, кто путал следы, вилял в разговоре. Но для прозвища слово слишком редкое и книжное — в крестьянской и купеческой среде его почти не употребляли.

Фамилия Лабиринтов почти не встречается в старых переписных книгах и ревизских сказках. Это косвенно подтверждает её позднее, искусственное происхождение. Основные носители, судя по разрозненным данным, происходят из семей духовного сословия центральных губерний России. Встречается фамилия и в варианте Лабиринтский — обе формы образованы от одной основы, но с разными суффиксами, что типично для одной и той же семинарской среды.