Фамилия Лабиринтова — редкий случай, когда русская фамилия образована от существительного, которое не было ни именем, ни ремеслом, ни прозвищем в привычном понимании. Основа здесь — слово «лабиринт», а суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: буквально «дочь (или жена) Лабиринтова». Мужская форма — Лабиринтов.

Сразу отметим: в древнерусской антропонимии слово «лабиринт» не встречается. Оно пришло в русский язык через французское labyrinthe или немецкое Labyrinth из античной мифологии, и в бытовой речи до XVIII века практически не употреблялось. Поэтому фамилия не могла возникнуть в крестьянской или посадской среде раньше петровского времени. Скорее всего, она искусственная — семинарская, то есть дана выпускнику духовного училища или семинарии.

В духовных академиях XVIII–XIX веков существовала традиция давать фамилии по библейским понятиям, географическим названиям, абстрактным категориям или даже по античным образам. Лабиринт — символ запутанности, сложного пути, испытания. Такую фамилию мог получить семинарист, который хорошо разбирался в богословских «лабиринтах» веры, или просто как «красивая» книжная фамилия. Встречаются аналогичные примеры: Лабиринтов, Лабиринтский, Лабиринтовский. В метрических книгах конца XIX века носители фамилии Лабиринтов фиксируются в основном в центральных губерниях, особенно в Рязанской и Тамбовской, где было много семинарий.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище человека, жившего в доме со сложной планировкой или в переулках, напоминающих лабиринт. Однако для прозвища слово слишком книжное — в народе сказали бы «путаник» или «кривуля». Поэтому семинарское происхождение остаётся основным.

В написании встречается вариант Лабиринтова (женский род) и Лабиринтов (мужской). Ударение, судя по модели, падает на третий слог: Лабири́нтова. Фамилия не имеет отношения к топонимам вроде Лабиринт (посёлок в Магаданской области) — они появились уже в советское время. По сословной принадлежности предки Лабиринтовых — почти наверняка выходцы из духовного сословия, дети священников, дьяконов или псаломщиков.