Фамилия Ладогубец — редкий пример прозвищной модели, где суффикс -ец указывает на происхождение: буквально «сын (или потомок) Ладогуба». В основе лежит сложное прозвище Ладогуб, которое состоит из двух корней: «лад» и «губ(ы)». Первый корень восходит к слову «ладный» — в старорусском языке это значило «дельный, хороший, складный». Второй корень прямо указывает на рот или губы.

Скорее всего, прозвище Ладогуб описывало внешность: человека с красиво очерченным, «ладным» ртом. Но у этого прозвища мог быть и второй, переносный смысл. В русских говорах «губа» нередко связывали с речью — отсюда, например, «губастый» в значении «говорливый». Поэтому Ладогубом могли назвать того, кто умел красиво и складно говорить, был хорошим рассказчиком. Такое совмещение внешней и речевой характеристики встречается в прозвищах нечасто, что делает фамилию Ладогубец ономастически интересной.

По модели образования фамилия типична для западнорусских и украинских земель, где суффикс -ец активно использовался для обозначения потомка по отцу (сравните: Львовец — из Львова, или Могилевец — из Могилёва). Однако здесь основа не топоним, а личное прозвище. Со временем первоначальное прозвище Ладогуб полностью вытеснило наследственное имя в документах, и за потомками закрепилась форма Ладогубец. Других версий происхождения этой фамилии, например от географического названия, нет — ни один известный топоним с корнем «ладогуб» не зафиксирован.