Фамилия Лахтарина образована от прозвища или мирского имени Лахтарь. Основа «лахт-» в русских говорах имела несколько значений. В новгородских и псковских диалектах «лахта» — это залив, небольшой морской залив, губа. Отсюда Лахтарь — человек, живший у такого залива, на побережье. В других областях слово «лахта» означало лужу, болото, топкое место, так что Лахтарем могли назвать того, кто жил возле болота или на сырой низине. Третья версия, менее распространенная, связывает прозвище с глаголом «лахтать» — жадно пить, хлебать; тогда Лахтарь — это насмешливое прозвище любителя выпить или человека, который ест и пьет торопливо.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лахтарина — дочь или жена Лахтаря. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где отчества на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на согласный или мягкий знак. Фамилия встречается преимущественно в Новгородской, Псковской и Ленинградской областях, что подтверждает связь с географическим значением корня. В исторических записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Лахтарь, особенно в окрестностях Старой Ладоги и по берегам Финского залива.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лахтин, Лахтионов, Лахтанов — показывает, что Лахтарина сохранила более архаичную форму, близкую к исходному прозвищу. Вариант с ударением на последний слог (Лахтарина́) встречается реже, чем с ударением на второй (Лахта́рина), и может указывать на разное происхождение: в первом случае — от имени Лахтарь, во втором — от женского имени Лахтара, которое фиксировалось в писцовых книгах XVI века как редкое нецерковное имя.