Фамилия Лапыткин — редкий случай, когда основа ясна, а суффикс необычен. Если бы фамилия звучала как Лапкин или Лаптев, вопросов бы не было: прозвище от «лапоть». Но здесь мы видим суффикс -ытк-, который в русском словообразовании почти не встречается в фамилиях. Это заставляет искать другое объяснение.

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Лапытка. В основе лежит слово «лапа» — большая рука или нога, а также ступня животного. Прозвище Лапытка могли дать человеку с крупными кистями или стопами, неуклюжему или, наоборот, сильному. Суффикс -ытк- здесь — уменьшительно-ласкательный, как в словах «сиротка», «малютка», но с редкой огласовкой. В говорах встречается вариант «лапытка» как ласковое название лапы или ступни. Таким образом, Лапыткин — буквально «сын Лапытки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее убедительна связь с диалектным словом «лапыта» — так в некоторых областях называли лошадь с мягкой, плохой поступью. Однако суффикс -ин в фамилии Лапыткин (а не -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на -а, что поддерживает версию прозвища Лапытка, а не «лапыта». Фамилия Лапыткин — пример того, как редкий суффикс сохранил в бытовом прозвище не просто внешность, а отношение: скорее всего, прозвище было не обидным, а домашним, внутрисемейным.