Фамилия Лапаткин образована от прозвища Лапатка. В русских говорах так называли человека с неловкой, неуклюжей походкой — того, кто «лапает» ногами, ступает тяжело, вразвалку. В словаре Владимира Даля «лапать» означает «ступать, шлёпать», а в переносном смысле — «делать что-то грубо, небрежно». В отличие от более распространённой фамилии Лаптев (от «лапоть»), Лапаткин имеет иную суффиксальную модель: суффикс -к- указывает на уменьшительную или уничижительную форму прозвища. То есть Лапатка — это не просто «лапа», а именно тот, кого так прозвали с оттенком снисходительности или насмешки.

Фамилия относится к типичным «семейным» фамилиям на -ин. По правилам русской ономастики, суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, в отличие от -ов к основам на согласный. Так из прозвища Лапатка возникла фамилия Лапаткин: «чей?» — «сын Лапатки». Модель старая и продуктивная в северных и центральных губерниях России, особенно в крестьянской среде. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно «низовая», простонародная фамилия, что подтверждается её отсутствием в «Общем гербовнике» и списках столбового дворянства.

Географически фамилия Лапаткин встречается преимущественно в Поволжье, в частности в Нижегородской и Саратовской областях, а также в Сибири — в местах переселения крестьян в XIX веке. В переписных книгах XVII–XVIII веков прозвище Лапатка могло закрепиться за человеком, который, например, ходил «вперевалку» или имел необычно большие ступни. Вторая, менее вероятная версия, — связь с диалектным словом «лапатка» в значении «лопатка» (орудие труда или кость). Но она слабо подтверждается: для орудия труда обычно образовывали фамилии через суффикс -ник (Лопаткин — от «лопатка»), а Лапаткин — через «лапу», то есть через анатомическую или поведенческую черту.

Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что косвенно подтверждает её крестьянское происхождение. В советское время фамилия не меняла форму и не подвергалась искусственной русификации. Сегодня Лапаткины — это в основном потомки тех самых «лапаток», что жили в деревнях и слободах, и фамилия сохранила прямую связь с живым народным говором, не перейдя в разряд книжных или искусственных.