Фамилия Латыня — редкий случай, когда географическое прозвище закрепилось в форме, нехарактерной для русской ономастики. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -я указывает на возможное польское, белорусское или украинское влияние. Скорее всего, перед нами прозвище, которое дали человеку, имевшему отношение к латинскому языку или католическому Западу. В старой России «латыня» или «латынщик» — это не только знаток латыни, но и вообще католик, поляк или человек из западных земель. В просторечии слово могло означать врача, аптекаря или учителя, поскольку именно эти профессии в XVII–XVIII веках ассоциировались с латинской образованностью.

Можно предположить, что основатель рода Латыня получил это прозвище за службу в приказной палате, где латынь была языком дипломатии, или за работу в госпитале при иностранном докторе. Вторая версия — этническая: так могли прозвать выходца из Речи Посполитой, говорившего на «латинской» речи. В отличие от фамилий вроде Латынин или Латынский, форма Латыня сохранила архаичное окончание, свойственное украинским и белорусским фамилиям-прозвищам (сравните: Войня, Гудзя, Мазепа). Это указывает на возможное происхождение из западнорусских земель, где польско-литовское влияние смешивалось с православной традицией.

По данным переписей, фамилия Латыня встречается крайне редко, преимущественно на Украине и в южных областях России. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные формы не выделены в отдельную группу, но по аналогии с фамилиями на -я (Лыня, Гнида) их относят к прозвищным, возникшим в народной среде без книжного оформления. Таким образом, предки Латыни могли быть людьми, чья профессия или происхождение выделяли их среди односельчан: сельский лекарь, дьячок, знающий латынь, или переселенец с запада, чья «латинская» вера запомнилась соседям.