Фамилия Латына — редкий случай, когда окончание -а не указывает на женский род, а входит в основу. Это краткая, усечённая форма, образованная без типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Такие «голые» фамилии в русской традиции встречаются нечасто и обычно имеют южнославянские, украинские или белорусские корни, либо возникли как прозвища, которые просто записали в документах без переделки.

Скорее всего, в основе лежит слово «латынь» — латинский язык. Прозвище Латына могли дать человеку, который знал латынь: семинаристу, учителю, лекарю или писарю при церкви. В России XVIII–XIX веков латынь была языком науки, медицины и духовного образования, поэтому знание её выделяло человека из крестьянской или мещанской среды. Фамилия могла закрепиться за выпускником семинарии, который получил «говорящее» прозвище в учебном заведении, а затем передал его детям.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с этнонимом «латыш». В некоторых говорах выходцев из Прибалтики называли «латынами» (ср. «латыш» и «латына»). Однако эта гипотеза слабее: форма «латына» нехарактерна для обозначения национальности, и географических подтверждений скопления носителей фамилии в регионах, граничащих с Латвией, нет.

Фамилия не получила широкого распространения и остаётся штучной. Встречается в основном в западных и центральных областях России, а также на Украине. Носители фамилии Латына — это, как правило, потомки людей, чьё прозвище было связано с учёностью или книжностью, что придаёт фамилии оттенок интеллектуальной истории рода.