Фамилия Лайпяков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от тысяч фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно связана с прозвищем. Основа — «Лайпяк» или «Лайпак». Скорее всего, это диалектное слово, и географический ключ здесь важнее лингвистического.

Основная версия ведёт в северные и уральские говоры, где «лайпяк» или «лайбак» — неряшливый, неопрятный человек, рохля. В словарях русских народных говоров зафиксировано слово «лайба» — неуклюжий, вялый человек. Суффикс -як/-ак в русских прозвищах типичен для характеристики по поведению или внешности (сравните: добряк, свояк, простак). Таким образом, Лайпяк — это прозвище медлительного или небрежного человека, которое затем закрепилось за его потомками.

Менее вероятная, но возможная версия — финно-угорский след. На территориях бывшей Вологодской, Архангельской губерний и в Карелии фамилии с основой «Лайп» могли возникнуть от карельского или вепсского слова «laipa» — худой, тощий. В этом случае прозвище относилось к внешности. Однако для фамилии Лайпяков более органично выглядит именно русская диалектная основа, так как суффикс -яков (а не -ов напрямую) типичен именно для русской модели образования от прозвищ на -як.

Суффикс -ов в фамилии Лайпяков стандартный, патронимический: «чей?» — Лайпяков, то есть сын Лайпяка. Фамилия недворянская, не семинарская (нет суффикса -ский). Она бытовала в крестьянской или мещанской среде Русского Севера, Приуралья и, возможно, Сибири, куда переселенцы унесли прозвище с собой. Сейчас фамилия встречается крайне редко, в основном в Пермском крае и Кировской области, что подтверждает её севернорусские корни.