Фамилия Лайпакова образована от мужского имени или прозвища Лайпак. Её основа, скорее всего, восходит к тюркским языкам, где слово «лай» или «лайык» означает «достойный», «подходящий», «приличный». В карачаево-балкарском языке, например, «лайыкъ» — это «достойный уважения», «почтенный». Таким образом, Лайпаком могли назвать человека солидного, заслуживающего доверия или обладающего высокими моральными качествами.

Суффикс -ов(а) в окончании указывает на принадлежность: Лайпакова — буквально «дочь (или жена) Лайпака». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, но в случае с Лайпаковой она, вероятно, возникла в среде, где русская фамильная система накладывалась на местные тюркские имена. Это характерно для народов Северного Кавказа, особенно карачаевцев и балкарцев, у которых фамилии с суффиксом -ов/-ев стали массово фиксироваться в XIX веке при интеграции в Российскую империю.

Географически фамилия Лайпакова наиболее распространена в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Встречается она и среди носителей, переехавших в другие регионы, но корни её прочно связаны с тюркоязычными горскими обществами. Мужской вариант — Лайпаков — в этих местах известен как одна из старых княжеских или узденских (дворянских) фамилий, что подтверждает гипотезу о прозвище со значением «достойный»: такие имена давали не случайно, а с прицелом на социальный статус.

В русском написании фамилия сохраняет тюркскую основу без изменений, что делает её легко узнаваемой среди других фамилий на -ов. Если сравнивать с однокоренными, например, с фамилией Лайков, то у Лайпаковой более выраженная региональная привязка к Северному Кавказу, в то время как Лайков может встречаться и в центральной России, но с иной этимологией (от слова «лай» — собачий лай, как прозвище крикливого человека).