Фамилия Лесенков — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную версию непросто. Чаще всего её связывают с прозвищем Лесенко, которое, в свою очередь, образовано от слова «лесенка». Такое прозвище могли дать человеку по профессии: например, мастеру, делавшему лестницы, или строителю, работавшему на высоте. В старину ремесленников нередко называли по инструменту или изделию, с которым они имели дело, поэтому версия о «лестничном деле» выглядит вполне правдоподобной.

Однако есть и другой путь. Фамилия Лесенков может быть отчеством второго порядка: Лесенко — сын человека по прозвищу Лес, а Лесенков — уже его внук. Здесь прозвище Лес отсылает к месту жительства: так могли назвать того, кто жил у леса или в лесной чаще. В некоторых говорах «лес» означало не просто чащу, а определённый участок, за которым присматривали, поэтому прозвище мог получить и лесной сторож, и егерь.

Суффикс -енко в основе — характерная черта украинской или южнорусской модели образования фамилий: так на Украине и в прилегающих областях России часто называли сына или младшего члена семьи (сравните: Иван — Иваненко, Лес — Лесенко). Переход в -ов на конце (Лесенков) — стандартная русификация при переезде или смене сословного статуса. Таким образом, фамилия могла возникнуть в среде, где украинская традиция столкнулась с великорусской, и потомок Лесенко стал писаться уже на «московский» лад.

Встречаемость фамилии Лесенков невысока, что тоже говорит в пользу её происхождения от прозвища, а не от распространённого крестильного имени. Скорее всего, родоначальник был человеком заметным — либо по ремеслу, либо по месту жительства, и это прозвище закрепилось за его потомками уже как родовое имя.