Фамилия Либонтова — женская форма редкой и неочевидной по происхождению фамилии Либонтов. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, и это сразу настораживает: перед нами, скорее всего, не крестьянская фамилия от имени или прозвища, а искусственное образование, возникшее в определённой среде.

Скорее всего, в основе лежит фамилия Либонт, которая, в свою очередь, восходит к западноевропейскому (вероятно, немецкому или французскому) личному имени или прозвищу. Например, возможна связь с немецким словом «Liebe» (любовь) или французским «libre» (свободный), но это лишь гипотезы. Суффикс -ов-/-ев- в фамилии Либонтов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища, но сама основа явно заимствована. Такие фамилии часто появлялись в среде духовенства, где выпускникам семинарий давали «благозвучные» фамилии на латинский или греческий манер, либо в среде обрусевших иностранцев, чьи фамилии адаптировали под русскую грамматику.

Другой, менее вероятный, но возможный вариант — искажение более простой фамилии. Если исходной была фамилия Липатов (от имени Липат или от слова «липа»), то под влиянием диалектного произношения или ошибки писаря она могла превратиться в Либонтов. Однако это спорно: такого рода трансформации редки, а фамилия Либонтова встречается крайне редко, что говорит о её локальном или сословном происхождении.

Из-за редкости фамилии точных географических привязок нет. Можно предположить, что её носители — потомки либо выходцев из духовного сословия, либо мелких дворян или приказных людей нерусского корня. В любом случае, фамилия Либонтова — это редкий случай, когда русская словообразовательная модель скрывает нерусскую основу, и её история, скорее всего, связана с конкретной семьёй, а не с массовым прозвищем.