Фамилия Либонтов — редкая и по-своему загадочная. В ней нет очевидного тюркского, финно-угорского или славянского корня, который сразу бы указал на ремесло или прозвище. Скорее всего, в её основе лежит личное имя или прозвище Либонт, которое, в свою очередь, могло быть заимствованным. Самая вероятная версия — происхождение от крестильного имени с корнем «либера» (от лат. liber — «свободный») или от западноевропейского варианта имени Либерий. В православных святцах известно имя Ливерий (греч. Λιβέριος), которое в народном произношении могло упроститься до Либонт через замену суффикса. Суффикс -ов указывает на патронимический тип: Либонтов — это «сын Либонта», то есть потомок человека, носившего это имя или прозвище.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда на Руси активно перерабатывали иноязычные имена. Если бы фамилия была польской или украинской, она, скорее всего, имела бы форму Либонтовский или Либонтович. Русская форма на -ов говорит о том, что фамилия закрепилась в центральных или северных регионах России, где патронимы на -ов были нормой. В дореволюционных метрических книгах фамилия Либонтов встречается единично, преимущественно в купеческой и мещанской среде — дворянской ветви, судя по всему, не существовало.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «либонт» — в некоторых говорах так называли льстеца или угодника. Но эта версия слабая: слово не фиксируется в авторитетных словарях русских говоров, и его происхождение остаётся тёмным. Поэтому основная версия — имя Либерий/Ливерий в народной переделке — остаётся наиболее обоснованной.

Географически фамилия Либонтов крайне редка. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, наибольшая концентрация носителей — в Тверской и Ярославской областях, что косвенно подтверждает севернорусский путь образования фамилии. Встречаются также единичные записи в Сибири, что объясняется переселенческими потоками XIX века. Фамилия никогда не была массовой, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких родственных родов, разошедшихся по стране.