Фамилия Лидекаиитис — редкий пример литовского наследия в русском ономастиконе. Её окончание -ис (в исходной форме -is) и суффикс -aitis (в литовской орфографии -aitis) выдают в ней типичную литовскую фамилию, образованную по патронимической модели. В Литве фамилии на -aitis, -utis, -ėnas и другие означали «сын такого-то» или принадлежность к роду. Таким образом, Лидекаитис буквально переводится как «сын Лидеки» или «потомок Лидеки».

Основа фамилии — Лидек- — скорее всего, восходит к литовскому личному имени или прозвищу Lideika. В литовской антропонимике такие имена часто имели корни в бытовых характеристиках: например, lydėti означает «сопровождать», «сопутствовать», а lydys — «налим» (рыба). Впрочем, возможна и балтская основа с неясной этимологией, не имеющая прямого славянского аналога. В любом случае, это не славянская фамилия, а литовская, что сразу отличает её от подавляющего большинства русских фамилий.

Географически фамилия Лидекаитис почти наверняка привязана к исторической Литве или к тем районам Беларуси, которые веками входили в состав Великого княжества Литовского. Встречаемость её в России, скорее всего, связана с миграциями литовцев в XIX–XX веках, когда многие литовские крестьяне, спасаясь от малоземелья, переселялись в Сибирь или на Дальний Восток. Носители фамилии могли быть из числа литовских крестьян или мелкой шляхты — в Литве патронимические фамилии на -aitis носили в основном простые люди, а не дворяне, у которых преобладали фамилии на -avičius, -evičius.

С точки зрения словообразования, фамилия Лидекаитис — яркий пример того, как литовская модель отличается от русской. Если бы фамилия русифицировалась, она могла бы принять форму Лидеков или Лидекин, но сохранила исходное окончание, что делает её легко узнаваемой и редкой. В русском языке её часто склоняют как существительное мужского рода: Лидекаитиса, Лидекаитису, хотя по литовским правилам фамилия может не склоняться в женском варианте (Лидекаитите). Для носителя фамилии это прямая подсказка: ваши предки — литовцы, и фамилия несёт в себе отпечаток балтской культуры, а не славянской.