Фамилия Лидухин образована от имени или прозвища Лидуха. В русской антропонимии суффикс -ух(а) характерен для просторечных, часто ироничных или уменьшительно-ласкательных форм личных имен. Лидуха — это народная форма от одного из крестильных имен: Лидия (женское имя, крайне редко дававшееся мужчинам, но в виде прозвища могло закрепиться за человеком), либо от Лиодор (разговорный вариант Илиодор), или же от Ливер (редкое имя, от лат. liber — «свободный»). Вторая версия правдоподобнее: мать или соседи звали мальчика Лидухой, а в документах это прозвище превратилось в фамилию.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Лидухин, то есть потомок Лидухи. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. Географически фамилия Лидухин редкая, ее очаг, судя по доступным данным, тяготеет к Вологодской и Кировской областям — регионам, где хорошо сохранились архаичные прозвищные формы.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Лидух, Лидухов) показывает, что исходное прозвище могло быть и без суффикса -а: Лидух — человек с каким-то признаком, связанным с корнем «лид». Но корень этот неясен. Возможно, в говорах «лидуха» означало нечто вроде «лысого» или «худого» (ср. диалектное «лидкий» — тощий, жидкий), но это лишь предположение, не подтвержденное словарями. Надежнее считать фамилию производной от личного имени, пусть и в его простонародной, неканонической форме.

В сословном плане Лидухины, скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах, что типично для поздних фамилий на -ин, возникших у непривилегированных слоев в XVII–XIX веках. Точных сведений о первом носителе нет, но можно предположить, что родоначальник жил в глухой северной деревне, где прозвище Лидуха не казалось странным, а стало привычным родовым именем.