Фамилия Лие — редкий пример фамилии, которая не вписывается в привычные славянские модели словообразования. В отличие от фамилии Лой, где прозвище образовано от слова «лой» (топлёное сало), фамилия Лие имеет совершенно другую природу. В ней нет суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно указывают на принадлежность к роду. Это прямое, неадаптированное заимствование, что сразу говорит о её нерусском происхождении.

Скорее всего, фамилия Лие — это русифицированная запись фамилии из прибалтийских языков, скорее всего, латышского или эстонского. В латышском языке слово «liepa» означает «липа», а фамилия Liepa (Лиепа) очень распространена. Форма Лие могла возникнуть как сокращение или как часть сложной фамилии, например, Лиепиньш (уменьшительное от «липы»). В эстонском языке «lill» — цветок, но «lie» может быть частью топонима.

Другая версия связывает фамилию Лие с немецкими корнями. В немецком языке «Lied» — песня. В средневековой Европе, как известно, фамилии закреплялись за целыми семьями, и прозвище по роду занятий было обычным делом. Фамилия Лие могла достаться потомку певца или музыканта. Однако это менее вероятно, так как в немецком написание Lied не сокращалось до Lie без следов «d».

Также нельзя исключать, что фамилия Лие — это вариант написания еврейской фамилии Лие (или Лиэ), которая происходит от библейского имени Лея. В этом случае фамилия указывает на имя матери или прародительницы.

Точное место и время возникновения фамилии Лие в России установить сложно, так как процесс оформления фамилий был длительным. Сенатский указ, предписывающий «именоваться определенной фамилией», касался в первую очередь подданных Российской империи, а носители фамилии Лие могли появиться на карте страны в результате миграций из Прибалтики или Западной Европы. Таким образом, фамилия Лие — не столько памятник славянской письменности, сколько свидетельство культурных и языковых контактов, отражение сложной истории переселения народов.