Фамилия Лихожен — редкая и нестандартная по своей словообразовательной модели. В отличие от массовых фамилий на -ов, -ев или -ин, здесь мы видим суффикс -ен, типичный для украинской и белорусской ономастики. В русском языке такая форма встречается редко и обычно указывает на западнорусское или малороссийское происхождение рода.

Основа фамилии — «Лихож». Это древнерусское прозвище, состоящее из двух корней: «лихо» (зло, беда, удаль) и «ж(д)ать» (ожидать). В прямом смысле Лихож — «тот, кто ждет лиха», то есть человек, от которого ждут неприятностей, или, напротив, кто сам постоянно ожидает беды. Второй вариант толкования — прозвище лихого, отчаянного человека, который сам «лихо ждет», то есть не боится опасности.

В историческом контексте фамилия могла закрепиться за человеком с тяжелым характером, смутьяном или, наоборот, за невезучим, «горемычным» крестьянином. В говорах слово «лихо» имело и значение «много, очень сильно», поэтому не исключено, что Лихожем называли нетерпеливого или жадного человека.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лихожон, Лихожин, Лихожев — показывает, что вариант Лихожен тяготеет к украинской модели (ср. Бондарен, Ковален). Это сужает географию: скорее всего, предки носителя фамилии происходят с территории современной Украины, юга России или Беларуси. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальный характер и возможное происхождение от единичного прозвища, которое не успело широко распространиться.