Фамилия Лихожон — редкая и неочевидная с точки зрения привычных русских фамильных моделей. Если большинство фамилий на -ов/-ев, -ин, -ский легко читаются как указание на отца или место, то здесь на конце суффикс -он. В русской ономастике он встречается нечасто и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение: фамилии вроде Грицон, Петрон, Лихожон образованы по той же модели, что и западнорусские прозвища с уменьшительным или индивидуализирующим суффиксом.

Основа — «лихо», одно из самых ёмких слов в русском языке. В древнерусском «лихо» означало и «зло, беда, горе», и одновременно «удаль, молодечество, избыток силы». Прозвище Лихой давали человеку, который либо был отчаянным смельчаком, лихим наездником или воином, либо, наоборот, злым, опасным, склонным к пакостям. В диалектах встречается и «лихожон» как вариант прозвища, усиливающий качество: «жон» здесь не от слова «жена», а от древнего суффикса, близкого к -он, который добавлял оттенок принадлежности или постоянства признака.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт подсказку. Лихов, Лихин, Лиховцов — все они идут от того же корня, но Лихожон стоит особняком. Если Лихов — «сын Лихого», то Лихожон скорее «тот, кто лихожон», то есть носитель прозвища, в котором суффикс -он выполняет ту же роль, что в фамилиях Грицон (от Гриць) или Пантелеён (от Пантелей). Географически такие фамилии чаще всего встречаются в юго-западных регионах бывшей Российской империи: на Черниговщине, Полтавщине, в Гомельской области. Там же фиксируются и ранние упоминания Лихожонов в метрических книгах XIX века.

Версия о том, что фамилия могла произойти от личного имени Лихожон (как вариант Лихождан или Лихослав), маловероятна — такие имена не встречаются в святцах и не зафиксированы в древнерусских памятниках. Гораздо правдоподобнее, что Лихожон — это прозвище, закрепившееся за одним человеком и перешедшее к потомкам без изменений. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим: фамилии с суффиксом -он в малороссийской среде часто давали не дворянам, а простым людям, которые записывались в ревизские сказки по прозвищу.