Фамилия Ликсюнина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Ликсюнин. Она образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ликсюнин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Ликсюня. Сама основа фамилии — Ликсюня — звучит необычно для современного уха, но в ней нет ничего загадочного: это разговорная, уменьшительная форма от крестильного имени.

Скорее всего, Ликсюня — это просторечный вариант имени Алексий (в современной форме Алексей). В русской народной среде имя Алексей сокращали до Лёкса, Лекса, Лексюня, а дальше, с типичным для диалектов чередованием начального «л» и «л’», появлялись формы Ликсей, Ликсюня. То есть Ликсюня — это «домашнее» имя, которым в семье называли мальчика или мужчину по имени Алексей. Такие фамилии на -ин от уменьшительных имён — одни из самых массовых в России: Иванов от Ивана, Петров от Петра, а Ликсюнин — более редкий вариант по той же модели.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем. В некоторых южнорусских говорах слово «ликсюня» могло означать человека с необычной походкой или манерой говорить — от диалектного «ликсать» (ковылять, шататься) или «ликсить» (льстить, хитрить). Однако в этом случае фамилия была бы более распространена в конкретных регионах, а её географическая привязка по современным данным не даёт однозначного ответа. Основной, самой надёжной версией остаётся происхождение от имени Алексей через форму Ликсюня.

Фамилия Ликсюнина встречается нечасто, преимущественно в центральных областях России. Носительницы этой фамилии могут быть уверены, что их предки по мужской линии носили имя или прозвище Ликсюня, а корни уходят в ту же среду, что и у тысяч других русских фамилий — в крестьянский или мещанский быт, где полное имя заменяли ласковым или обиходным вариантом.