Фамилия Лексюнина женского рода, её мужской вариант — Лексюнин. В основе фамилии лежит имя или прозвище, и ключ к разгадке — суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Лексюнин — это «сын Лексюни» или «человек из семьи Лексюни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Сама основа «Лексюня» — это, скорее всего, народная, обиходная форма канонического имени Алексей. В русских говорах имена часто усекали и «обкатывали» до ласкательных или фамильярных вариантов: Алексей превращался в Алёшу, Лёшу, Лексю. Форма «Лексюня» могла возникнуть по аналогии с другими уменьшительными именами (например, Федюня от Фёдор, Ванюня от Иван). Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог: Лексю́нина.

Версия с именем Алексей — самая прямая и правдоподобная. Отчество от имени Лексюня и дало фамилию. Менее вероятна связь с диалектным словом «лексюня» (если такое и существовало где-то в говорах, оно не зафиксировано в словарях как нарицательное). Поэтому смело можно считать, что предки носителей фамилии — потомки человека по прозвищу Лексюня, то есть Алексея.

С географической точки зрения фамилия Лексюнин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это регионы, где хорошо сохранились старые русские антропонимические модели и народные формы имён. Сословного барьера у фамилии не было: Лексюниными могли быть и крестьяне, и мещане, и духовенство — имя Алексей было распространено во всех слоях общества.