Фамилия Лексюнин — один из тех случаев, когда за основу взято не полное церковное имя, а его обиходная, разговорная форма. В её основе лежит имя Лексюня — просторечный вариант крестильного имени Алексей. В русских говорах имя Алексей через стадию Олексей (с характерным для древнерусского произношения начальным «о») сократилось до Лексей, а уменьшительно-ласкательная форма Лексюня как раз и дала фамилию. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лексюнин, то есть сын, потомок Лексюни.

Такая модель образования — от усечённой основы имени через суффикс -ин — типична для северных и северо-западных регионов России. В Новгородской, Архангельской, Вологодской землях фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов, потому что патронимы там долго сохраняли древнюю форму. Лексюнин — фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или посадская, возникшая не раньше XVI–XVII веков, когда фамилии начали закрепляться за простыми людьми.

Редкость фамилии объясняется тем, что форма Лексюня была локальной. В центральных губерниях предпочитали другие варианты: Лёкса, Лекса, Алексюта. Поэтому Лексюнины — это люди с довольно узкой географической привязкой, вероятнее всего, из бывших новгородских пятин или Вятской земли. Встречаются также варианты написания Лексюнин и Лексюнин — с двойным «н» на стыке суффикса и окончания, но это уже орфографическая случайность, не меняющая смысла.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Лексюнин стоит в одном ряду с Лексановым, Лексашиным, Лексеевым — все они образованы от производных того же имени Алексей. Но Лексюнин выделяется суффиксом -юн-, который в русской антропонимии встречается реже, чем -ан- или -ах-. Этот суффикс придаёт имени оттенок ласкательности или, наоборот, просторечной грубоватости, как в словах «малюня», «толстюня». Так что прозвище Лексюня могло принадлежать либо младшему в семье, либо человеку с мягким характером — но точнее сейчас уже не скажешь.