Фамилия Лексунина — женская форма, а её мужской вариант — Лексунин. В основе фамилии лежит разговорная форма крестильного имени Алексей. В народной речи имя Алексей превращалось в Лексей, а от него образовали уменьшительное Лексуня. Такое стяжение — обычное дело для русской ономастики: ударный слог «Алек» терял начальную гласную, и оставалось «Лексей». Суффикс -ун- в имени Лексуня придаёт оттенок ласкательности или просторечности, как в парах Григорий — Гришуня, Иван — Ванюня.

Словообразовательная модель проста: к основе Лексун- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Лексунин — буквально «сын Лексуни». Такие фамилии на -ин в центральной и северной России были особенно распространены в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей записывали по отцу. Если отец был Лексуня (то есть Алексей в обиходе), его дети становились Лексуниными.

География фамилии сегодня неширокая, но устойчивая. Лексунины встречаются в основном в Поволжье — в Кировской области, Удмуртии, Татарстане, а также на Урале. Это совпадает с зоной бытования фамилий на -ин, где в XVII–XVIII веках активно селили государственных крестьян из северных и центральных губерний. В этих местах имя Алексей было одним из самых частых, и его народные формы дали множество однокоренных фамилий: Лексин, Лексанов, Лексаков, Лекшин. Лексунин выделяется среди них именно суффиксом -ун-, который встречается реже и указывает на более тесную, почти домашнюю форму имени.

Версия о происхождении от прозвища Лексуня, связанного с диалектным словом «лексать» (говорить невнятно, картавить), маловероятна — такого глагола в русских говорах не зафиксировано, а само имя Алексей даёт более прямое и убедительное объяснение. Социально предки Лексуниных были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, поскольку фамилии на -ин от уменьшительных имён именно в этих сословиях и складывались. Дворянские роды предпочитали суффикс -ов/-ев или более книжные формы.

Особенность фамилии — её сохранение в неизменном виде с XVII века. Она не перешла в вариант Лексунов, что иногда происходило с фамилиями на -ин под влиянием южнорусской традиции. Значит, носители фамилии жили достаточно компактно, в регионе, где суффикс -ин оставался нормой.