Фамилия Лексункин — одна из тех, что образованы от просторечной, «домашней» формы крестильного имени. В её основе лежит имя Лексунка — так в народе ласково или сокращённо называли человека по имени Алексей (от греческого «заступник, помощник») или, реже, Александр («защитник, мужественный»). Суффикс -ун- в этой форме придаёт оттенок обиходности, а окончание -ка — типичный признак разговорного варианта имени (ср. Михунка, Петрунка). Фамилия, соответственно, отвечает на вопрос «чей?»: Лексункин — значит сын или потомок Лексунки.

Оба имени-источника — Алексей и Александр — относятся к числу самых распространённых на Руси, поэтому фамилии с основой Лекс- встречаются часто: Лексин, Лексиков, Лексанов, тот же Лексункин. Все они — компактная группа, различающаяся только суффиксальными вариантами одного и того же прозвища. Это не случайность: церковные имена давались при крещении, а в быту их переиначивали на свой лад, и такие переделки закреплялись за целыми семьями.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии Лексункин сложно — процесс превращения прозвища в наследственную фамилию шёл несколько столетий, особенно в крестьянской и мещанской среде. Однако сама модель (основа на -ун- + фамильный суффикс -ин) вполне традиционна для русских фамилий северных и центральных губерний. Если искать параллели, то в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) такие фамилии разбираются как типичный пример «патронимического» образования от усечённых или уменьшительных форм канонических имён.

Таким образом, Лексункины — потомки человека, которого в кругу семьи или соседей звали Лексункой. Фамилия сохранила живую народную речь и напоминает о том, как на Руси переплавляли церковные имена в повседневный обиход.