Фамилия Лексункин восходит к просторечной форме имени Алексей (или Александр), которая звучала как Лексунка. Имена Алексей (в переводе с греческого «заступник, помощник») и Александр («защитник», «мужественный») очень распространены у русских, а потому в России часто встречаются фамилии с вариантами основы Лекс-: Лексин, Лексиков, Лексункин, Лексанов, Лексин и др. Оба указанных имени относятся к церковным, так как в истории христианства было множество подвижников, носивших имя Алексей и Александр. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Лексунка, со временем получил фамилию Лексункин.