Фамилия Лилипутин — редкий случай, когда прозвище образовано от книжного, а не от бытового слова. Основа здесь — «лилипут», то есть человек очень маленького роста. В русский язык это слово попало из романа Джонатана Свифта «Путешествия Гулливера» (1726 год), где лилипутами называли крошечных жителей вымышленной страны. Но фамилия появилась не сразу после перевода книги: крестьяне и горожане в XVIII–XIX веках так могли в шутку или с досадой прозвать низкорослого человека. Прозвище закрепилось, а потом, при оформлении фамилий, к нему добавили суффикс принадлежности -ин.

Суффикс -ин типичен для русского севера и центральных областей: он указывает на «сына» или «человека из рода» того, кто носил прозвище. То есть Лилипутин — буквально «сын Лилипута». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий или животных, модель на -ин тяготела к личным прозвищам и именам.

Поскольку слово «лилипут» оставалось относительно редким в деревенском обиходе, фамилия не получила широкого распространения. Она встречается точечно, в основном на юге России и в Поволжье, что может говорить о позднем закреплении — уже после того, как книжное слово вошло в народную речь. Встречаются варианты написания с одной «п» — Лилипутин, но это скорее орфографическая ошибка, чем самостоятельная ветвь: исходное слово пишется с двумя «п».

Других версий происхождения, кроме прозвищной, нет. Связывать фамилию с каким-либо географическим названием или иноязычным корнем не приходится — это чисто русское образование от заимствованного слова. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими прозвище за внешность, и вряд ли имели отношение к дворянству или казачеству.