Фамилия Лилипутов — случай в русской ономастике, где прозвище явно перешло в фамилию без иноязычного или крестильного посредничества. Основа — слово «лилипут», которое в русском языке закрепилось после выхода романа Джонатана Свифта «Путешествия Гулливера» (1726 год). Лилипутами Свифт назвал крошечных жителей вымышленной страны. В XVIII–XIX веках слово вошло в обиход как нарицательное для человека очень маленького роста.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: прозвище + патронимический суффикс -ов. То есть Лилипутов буквально означает «сын (или потомок) Лилипута». Мужчина, получивший такое прозвище, скорее всего, был невысок ростом, и окружающие обыграли его внешность через литературную аллюзию. Прямых указаний на то, что прозвище было оскорбительным, нет — в крестьянской среде подобные бытовые характеристики давались без злого умысла, по принципу наглядности.

Интересно, что фамилия Лилипутов встречается почти исключительно в России, причём с заметной концентрацией на Урале и в Западной Сибири. По данным переписей и телефонных справочников, больше всего носителей в Пермском крае и Свердловской области. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть в одной локальной группе и разойтись с переселенцами. Она не относится к числу дворянских — её носители в основном крестьяне и мещане, а в советское время — рабочие.

Версия о происхождении от латинского «lilium» (лилия) или от французского «lit» (кровать) не выдерживает критики: ни морфология, ни семантика не дают оснований для таких сближений. Фамилия Лилипутов — редкий пример того, как книжное слово стало основой для деревенского прозвища, а затем и фамилии, минуя церковные святцы.